OncoProt

Vous voulez :

Construire et réaliser un projet d’analyse protéomique exploratoire
Développer ensemble un projet de protéomique spatiale, analyse protéomique sur cellule unique
Analyser le protéome d’une structure subcellulaire, de cellules ou fraction tissulaire
Analyser un interactome
Cartographier les modifications post-traductionnelles d’une protéine d’intérêt
Explorer les modifications post-traductionnelles de votre échantillon biologique
Identifier de nouveaux biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic ou pour prédire une réponse à un traitement
Créer une banque de données protéomique
Réaliser une analyse de profilage protéomique sur tissus
Bénéficier d’un service de traitement bioinformatique, d’un support à la représentation graphique et à l’interprétation biologique des données de protéomique

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OncoProt

Les services de la plateforme

Conception du design analytique

Préparation des échantillons, coupe et microdissection

Analyse protéomique par spectrométrie de masse

Traitement des données brutes et analyse statistique

Représentation graphique, analyse intégrative, support à l’interprétation

Tarifs : devis sur demande.

La plateforme Oncoprot est une plateforme d’analyse protéomique dédiée à vos projets biologiques. Nous avons pour expertise spécifique d’associer la microdissection laser et la spectrométrie de masse pour étudier le protéome de tous types de structures cellulaires ou tissulaires.

La microdissection permet d’isoler une population particulière de cellules ou une région cellulaire d’intérêt grâce à une découpe laser, à partir de prélèvements fixés au formol et inclus en paraffine.

Les protéines sont alors extraites après réversion de la fixation, et sont analysées par spectrométrie de masse sur un appareil haute résolution de dernière génération pour les identifier et les quantifier. Par profilage protéomique, nous pouvons utiliser l’ensemble des protéines dérégulées comme une carte d’identité d’une pathologie ce qui permet de définir des profils de référence à valeur diagnostique, pronostique ou de réponse aux traitements.

Grâce à des outils de bioinformatique et de biologie intégrative dédiés et l’intervention du bioinformaticien de notre équipe, nous pouvons être support dans l’interprétation biologique des données de protéomique et dans la représentation graphique de vos résultats.

Équipements

Spectromètre de masse Orbitrap Exploris 480 (Thermo Scientific) muni d’un FAIMS
Chromatographie ultra haute performance Vanquish Neo (Thermo Scientific)
Plateforme robotisée Biomek i5 (Beckman Coulter)
Ultrasonicateur focalisé R230 (Covaris)
Logiciels de traitement des données : Proteome Discoverer 3.0 associé à Chymeris; Proline 2.1
Plateforme d’intégration biologique des données : Ingenuity Pathways (Qiagen)
Appareil de microdissection PALM microbeam ZEISS (Centre Magendie Bordeaux)

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