
RT-PCR & Single Cell Libraries
Directeur scientifique : Myriam Capone
Directeur technique : Xavier Gauthereau
OneCell
Analyse de l’expression des gènes
Vous voulez :
- Quantifier, qualifier les acides nucléiques
- Réaliser des PCR quantitatives en temps réel haut débit
- Réaliser des « Digital PCR »
- Automatiser la préparation des plaques de PCR quantitatives
- Préparer les librairies « Single cell » destinées au séquençage NGS
Conseil, formation et service à façon
Les services de OneCell
Conseil pour l’extraction des acides nucléiques
Quantification et qualification des acides nucléiques
PCR quantitative en temps réel 96 et 384 puits
Préparation automatisée des plaques PCR
Digital PCR Qiacuity
Analyse des résultats : ΔΔCq et quantification absolue
Préparation des librairies « Single cell » pour séquençage NGS
Accompagnement séquençage NGS et analyses bio-informatiques
À propos de OneCell
ONECELL met à disposition des équipements de pointe et guide les utilisateurs dans leurs études de l’expression de gènes. ONECELL permet l’extraction d’acides nucléiques (ADN et ARN) à partir de tissus (Tissue Lyser Qiagen), leur qualification et quantification (QuBit, Bioanalyser Tape Station Agilent), et leur amplification à grande échelle par PCR haut débit en temps réel (Robot EpMotion 5073 Eppendorf, CFX 96 et 384 puits BioRad, BioRad deepwell) et Digital PCR (Qiacuity ONE 5-plex), de même que la génération de librairies pour des analyses multiomiques à l’échelle unicellulaire (Chromium Controller 10X Genomics). ONECELL guide les utilisateurs pour la mise en œuvre expérimentale, l’utilisation des appareils et l’analyse des résultats de PCR, et veille au contrôle qualité des acides nucléiques et des banques « Single Cell » générées en amont du séquençage. ONECELL met également à disposition un service à façon allant de la qualification des ARN et ADN jusqu’à la PCR et l’analyse des résultats.
Équipements
- Tissue Lyser Qiagen
- mDrop Denovix
- QuBit
- Bioanalyser Tape Station 4150 Agilent
- Robot EpMotion 5073 Eppendorf
- CFX 96 et 384 puits Bio-Rad
- Digital PCR Qiacuity ONE 5-plex Qiagen
- Chromium Controller et Chromium iX 10X Genomics
Chromium Controller 10X Genomics
Expression des gènes à l’échelle de la cellule unique.
Workflow

Source : 10x Genomics
La génération des GEM
La microfluidique est une technologie manipulant des fluides dans des microcanaux. Ainsi, nous pouvons isoler chaque cellule dans une micro-gouttelette d’huile contenant des réactifs (polymérase, oligonucléotide, retrotranscriptase…) et une bille particulière permettant un encodage spécifique de chaque transcrit appelée GEM (Gel bead in EMulsion).
10X barcode = 1 cellule
UMI = 1 ARN
Source : 10x Genomics

Source : Dolomite Microfluidics

Source : 10x Genomics
Visium Spatial 10X Genomics

Source : 10x Genomics
Exemples de construction de librairies
Chromium Single Cell 3′ Gene Expression Dual Index Library
Chromium Single Cell 3′ Cell Surface Protein Dual Index Library
Contact
Informations pratiques
Directeur scientifique
Myriam Capone
Directeur technique
Xavier Gauthereau
xavier.gauthereau@u-bordeaux.fr
05.57.57.45.96
L’accès au bâtiment et à la plateforme est sécurisé par digicode. Les codes sont à demander au responsable lors de votre première visite.
Localisation
Plateforme de PCR quantitative en temps réel
Laboratoire UAR 3427 / US 05
Bâtiment BBS – 5ème étage
Université de Bordeaux
2 rue Dr Docteur Hoffmann Martinot
33000 Bordeaux









