RT-PCR & Single Cell Libraries

Directeur scientifique : Myriam Capone
Directeur technique : Xavier Gauthereau

OneCell

Analyse de l’expression des gènes

Vous voulez :

  • Quantifier, qualifier les acides nucléiques
  • Réaliser des PCR quantitatives en temps réel haut débit
  • Réaliser des « Digital PCR »
  • Automatiser la préparation des plaques de PCR quantitatives
  • Préparer les librairies « Single cell » destinées au séquençage NGS

Conseil, formation et service à façon

Les services de OneCell

Conseil pour l’extraction des acides nucléiques

Quantification et qualification des acides nucléiques

PCR quantitative en temps réel 96 et 384 puits

Préparation automatisée des plaques PCR

Digital PCR Qiacuity

Analyse des résultats : ΔΔCq et quantification absolue

Préparation des librairies « Single cell » pour séquençage NGS

Accompagnement séquençage NGS et analyses bio-informatiques

À propos de OneCell

ONECELL met à disposition des équipements de pointe et guide les utilisateurs dans leurs études de l’expression de gènes. ONECELL permet l’extraction d’acides nucléiques (ADN et ARN) à partir de tissus (Tissue Lyser Qiagen), leur qualification et quantification (QuBit, Bioanalyser Tape Station Agilent), et leur amplification à grande échelle par PCR haut débit en temps réel (Robot EpMotion 5073 Eppendorf, CFX 96 et 384 puits BioRad, BioRad deepwell) et Digital PCR (Qiacuity ONE 5-plex), de même que la génération de librairies pour des analyses multiomiques à l’échelle unicellulaire (Chromium Controller 10X Genomics). ONECELL guide les utilisateurs pour la mise en œuvre expérimentale, l’utilisation des appareils et l’analyse des résultats de PCR, et veille au contrôle qualité des acides nucléiques et des banques « Single Cell » générées en amont du séquençage. ONECELL met également à disposition un service à façon allant de la qualification des ARN et ADN jusqu’à la PCR et l’analyse des résultats.

Équipements

  • Tissue Lyser Qiagen
  • mDrop Denovix
  • QuBit
  • Bioanalyser Tape Station 4150 Agilent
  • Robot EpMotion 5073 Eppendorf
  • CFX 96 et 384 puits Bio-Rad
  • Digital PCR Qiacuity ONE 5-plex Qiagen
  • Chromium Controller et Chromium iX 10X Genomics
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Chromium Controller 10X Genomics

Expression des gènes à l’échelle de la cellule unique.

Workflow

Source : 10x Genomics

La génération des GEM

La microfluidique est une technologie manipulant des fluides dans des microcanaux. Ainsi, nous pouvons isoler chaque cellule dans une micro-gouttelette d’huile contenant des réactifs (polymérase, oligonucléotide, retrotranscriptase…) et une bille particulière permettant un encodage spécifique de chaque transcrit appelée GEM (Gel bead in EMulsion).

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10X barcode = 1 cellule

UMI = 1 ARN

Source : 10x Genomics

Source : Dolomite Microfluidics

Source : 10x Genomics

Visium Spatial 10X Genomics

Source : 10x Genomics

Exemples de construction de librairies

Chromium Single Cell 3′ Gene Expression Dual Index Library

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Chromium Single Cell 3′ Cell Surface Protein Dual Index Library

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Contact

Informations pratiques

Directeur scientifique

Myriam Capone

mcapone@immuconcept.org

Directeur technique

Xavier Gauthereau

xavier.gauthereau@u-bordeaux.fr
05.57.57.45.96

L’accès au bâtiment et à la plateforme est sécurisé par digicode. Les codes sont à demander au responsable lors de votre première visite.

Localisation

Plateforme de PCR quantitative en temps réel
Laboratoire UAR 3427 / US 05
Bâtiment BBS – 5ème étage
Université de Bordeaux
2 rue Dr Docteur Hoffmann Martinot
33000 Bordeaux

Notre équipe

MYRIAM

CAPONE

Directeur scientifique

Xavier

Gauthereau

Directeur technique